新冠疫情在兩周內爆發，累計確診人數超過6700人，其中4700多人集中在雙比，比例高達7成。因此，在疫情爆發很短時間內，雙北各大醫院像台大、聯醫、亞東等湧入大量確診病人，塞爆醫院加護病房，不但影響重症者的搶救，也增加院內傳染的風險。為此，台大醫院院長吳明賢呼籲盡快建立「輕重分流」的入院機制，空出加護病房讓重症者能得到及時的救治。 林應然醫師對於「輕重分流」表示支持，他指出，目前社區感染的案例快速增加，造成台大救治人力告急，但雙北並不只有台大面臨重症救治床位、設備、人力的不足，可以說，雙北的每個醫院都面臨這種「生死抉擇」。 在雙北重症病床、救治人力瀕臨崩盤之際，林應然呼籲民眾在短時間內要改變就醫的觀念，特別是在檢疫的過程中，不能每個人都要求住院觀察；否則那些重症患者塞爆加護病房，卻沒有維生的呼吸器、沒有搶救的醫護，處境就真的太可憐。 在疫情緊急之際，林應然也指出，防疫或輕症救治，公家資源已經是杯水車薪、緩不濟急了，民眾開始要考慮：萬一確診後，等不到病床，要如何自救。 林應然建議，首先要準備能夠獨居的房間，第二則是購買血氧機，如果暫時買不到血氣機，則可以上網或是向醫師請教學習透過觀察指甲顏色變化等方式，自我掌握病情。 林應然表示，新冠肺炎目前沒有特效藥，在發病後的一周內是最艱困的階段。 不過，有人質疑，目前輕重分流並未落實，有人重症無法住院，但有人輕症卻透過關係，或是上媒體求救後，反而先進了醫院。林應然不否認有上述不合理的情況，但他呼籲醫護在目前疫情加劇之際，一定要抗拒關說，落實輕重分流。 由於專門收治確診病患的醫院、醫師和設備不是馬上就能建立，林應然建議雙北的確診者應該坦然接受「北院南治」，到中南部的醫療院所接受治療，如此一來，雖然要跟家人分離，但總比在家傳染家人要好。
台大醫院院長吳明賢26日在臉書發文示警「Hospitals Need Help」，稱不斷湧入的新冠重症者已經讓院內的加護病房超量；衛福部長陳時中聽到他的心聲，27日回應稱「台大辛苦了」，並強調，抗疫是大家一起的事情，後續分配更好，各個醫學中心承擔共同責任是最好。 對於陳時中的回應，吳明賢27日受訪時首先表示，很高興指揮中心聽到台大醫院的心聲，目前國難當頭，台大醫院一定挺身而出；但由於台大醫院鄰近疫情熱區萬華，過去2週已經收治超過130名確診個案，其中有26人病情嚴重需要使用呼吸器，人數占全國1/4，他發文首先就是要提醒指揮中心重視「輕重分流」問題。 吳明賢表示，台大過去不是沒有處理過26名使用呼吸器的病人，但是在兩周內一下子就收治這麼多重症者，場地、設備、人員心理建設，都需要時間調整，絕對不是不收新冠的重症者；但是輕症者占床，重症者卻無床收治，分流問題迫切要解決。 對於「輕重分流」，陳時中27日已經指示提升集中檢疫所的量能，他表示，集中檢疫所有重要的任務，前端當作確診安置區域，避免降低醫院量能，解除隔離時也能作為緩衝區，當地方調配不過來時，將擔任重要角色。 吳明賢的第二項建議是「醫院合作」，他指出，不只是台大醫院收治爆棚，北市聯合醫院、新北的亞東醫院都是重災區，另兩家醫院加護病房超量收治的問題，他都了解；雙北人口最多，醫療資源也最多，各醫院之間應該同心協力，共同解決目前新冠重症者過度集中少數醫院的問題。 至於「資源整合」，吳明賢表示，從醫學專家和國外的經驗看，這一波疫情絕非一、兩周就能結束，我們要有中長期，也就是1至3個月的超前部署；過去常聽救護車上救護員說：「會把新冠患者送到台大，是因為之前某某醫院不願收治」，現在他很高興聽到其他醫學中心正逐步轉移加護病房的病患，為日後收治新冠重症者，作準備。 對於健保署署長李伯璋27日表示，雙北地區照顧確診者的大醫院，目前照顧負擔很重，病房改建、病人減少， 雖然點值變高，財務壓力也很大；因此，今年五、六月申報的給付，將直接按照2019年同期的給付，盡快將現金提供給醫療院所；吳明賢也表示感謝，他希望大家一起為未來1至3個月的防疫做準備。
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